Las obras de Agustín Alegre pueden encontrarse en colecciones tan dispares como la de Arte Contemporáneo de Patrimonio Nacional, la de la Casa Real Española, la Casa de la Misericordia de Pamplona o la colección personal de Luis Eduardo Aute, y sus óleos adornan las paredes de catedrales como la de la Almudena en Madrid o la turolense de Santa María de Mediavilla. Aunque la mayor parte de sus lienzos están en poder de grandes coleccionistas privados de diferentes países.